পাকিস্তানের পররাষ্ট্র মন্ত্রণালয় অযোধ্যার রাম মন্দিরে পতাকা উত্তোলনকে ‘ইসলামবিদ্বেষ’ এবং মুসলিম সাংস্কৃতিক ঐতিহ্যের ধ্বংসের উদাহরণ হিসেবে সমালোচনা করেছে। মন্ত্রণালয়ের মুখপাত্র তাহির হুসাইন আন্দ্রাবি বলেছেন, বাবরি মসজিদ ধ্বংসের পর মন্দির নির্মাণের এই ঘটনা অন্যান্য ঐতিহাসিক মসজিদের উপর হুমকি তৈরি করেছে। তিনি জানিয়েছেন, ভারতের মুসলিম সম্প্রদায় ক্রমবর্ধমান সামাজিক, অর্থনৈতিক ও রাজনৈতিক বৈষম্যের শিকার হচ্ছে এবং ইসলামবিদ্বেষ ও ঘৃণামূলক হামলা বাড়ছে। পাকিস্তান আন্তর্জাতিক সম্প্রদায়কে, বিশেষ করে জাতিসংঘকে, ইসলামী ঐতিহ্য ও সংখ্যালঘুদের ধর্মীয় অধিকার রক্ষায় ভূমিকা পালনের আহ্বান জানিয়েছে। পাকিস্তান ভারত সরকারকে সকল ধর্মীয় সম্প্রদায়ের নিরাপত্তা এবং তাদের উপাসনাস্থলের সুরক্ষা নিশ্চিত করার পরামর্শ দিয়েছে।